러시아의 음악가 집안에서 태어난 마리나 아가폰니코바는 1990년 모스크바국립음악원(차이코프스키 콘서바토리)에서 피아노로 졸업하고 1992년 반주학으로 박사과정을 졸업하였다. 이미 1989년부터 모스크바 작곡가의집 극장의 전속 피아니스트로 활동하였으며 1993년까지 합창예술아카데미의 교수로 재직하였다.
1993년부터 2012년까지 러시아국립볼쇼이극장의 전속피아니스트로 활동하며 수 많은 솔리스트들과 공연하였는데 대표적으로 엘레나 오브라초바, 줄라브 소트킬라바, 이리나 돌첸코, 이리나 비쿨로바등 최고의 볼쇼이극장 성악가들과 공연하였으며 특히 2004년 1월에 볼쇼이극장 데뷔 25년을 기념하는 엘레나 오브라초바와의 공연은 그녀의 음악적 재능을 높이 평가하는 공연이 되었다.
예브게니 스베틀라노프, 마크 에름레르, 알렉산더 베데르니코프, 만수로프등 당대 최고의 지휘자들과 스페인,프랑스,오스트리아,루마니아,벨기에,쿠바,인도등 수많은 세계 여러나라의 공연에 참여하였고, 나타샤 마카로바와의 볼쇼이극장 기념음반은 지금도 훌륭한 평가를 받고 있다. 2007년부터 모스크바 국립음악원 교수로 활동하며 2012년부터 러시아 국립 TV&RADIO 방송센타 볼쇼이합창단“Masters of Choral Siniing"의 피아니스트(반주)로 활동하고 있다.