스페인국립무용단은 1979년 빅토르 우야테(Victor Ullate)를 초대 예술감독으로 설립된 국립클래식발레단(Ballet Nacional de Espana Clasico)을 전신으로 하고 있다. 1983년 스페인 문화부에 의해 국립발레단(Ballet Nacional de Espana)과 통합되어 마리아 데 아빌라(Maria de Avila)를 예술감독으로 맞이하였으나, 1986년 9월 마리아 데 아빌라가 예술감독자리에서 물러나면서 다시 두 단체로 나뉘어졌고, 국립가극장 발레단(Ballet del teatro lirico Nacional)으로 명칭이 바뀌면서 러시아 볼쇼이 발레단 출신의 마야 쁠리세츠까야(Maya Mikhailovna Plisetskaya)를 새 예술감독으로 맞이했다. 마야 쁠리세츠까야는 미하일 포킨이 안나 빠블로바를 위해 만든『빈사의 백조』를 빠블로바보다 더 잘 추었다고 평가받는 불세출의 발레리나로 1987년 예술감독에 오른 후 무용수들의 테크닉은 물론 표현력, 연기력 등을 전반적으로 향상시키는데 기여했고, 일부 발레 애호가들은 그가 스페인국립무용단의 수준을 볼쇼이 이상으로 끌어올렸다는 극찬을 하기도 했다. 그러나 80년대 말부터 급격히 변하기 시작한 러시아와 볼쇼이의 상황을 지켜보던 마야는 조국으로 돌아갔고 그 자리를 나초 두아토가 물려받게 된다. 1990년 새로운 예술감독에 오른 나초 두아토의 등장은 스페인 국립 발레단의 역사에 일대 대변혁을 예고하는 일이었다. 그의 예술적 의지와 역량을 통해 정통 클래식 발레 위주였던 단체가 엄격한 규칙을 강조하는 클래식 발레를 크게 벗어나지 않으면서도 독특한 개성을 추구하는 현대적인 무용단으로 조금씩 변모하기 시작한 것이다. 단체의 기존 레퍼토리를 새롭게 안무하는 것부터 시작하여 창작 레퍼토리를 꾸준히 발표하고, 또한 세계적으로 작품성을 인정받은 다른 레퍼토리들도 과감히 수용하기 시작했다. 세계 무용계는 나초 두아토에게 ‘지리 킬리안 이후 최고의 안무가’라는 찬사를 아끼지 않고 있으며, 나초 두아토를 정점으로 스페인 국립무용단은 세계 무용계의 흐름을 주도하는 정상의 무용단 반열에 오르며 그 입지를 확고히 다지고 있다.