큰 구렁이에게 쫓긴 왕자 타미노는 밤의 여왕의 시녀 세 사람에게 구출되어 여왕의 딸 파미나의 아름다운 화상을 보고 나쁜 수도자 자라스트로에게서 그녀를 구해 내려고 결심한다. 새장수 파파게노를 데리고 자라스트로에게로 가는데, 실은 자라스트로가 덕이 높은 인물이고 여왕이 악의 화신인 것을 알게 된다. 자라스트로가 내놓은 시련을 이겨낸 타미노는 파미나와 맺어진다. 파파게노도 파파게나라는 상대는 얻는다. 한편 밤의 여왕과 그 부하들은 복수를 하려고 찾아오지만, 천둥과 함께 지옥으로 떨어지고 막이 내린다.

Prologue 악마의 사주를 받아 밤의 여왕이 되어가는 엄마의 모습, 그런 엄마로부터 딸 파미나를 보호하기 위해 아버지는 천년 묵은 나무로부터 마술피리를 만들지만 악마에게 당해 오히려 떡갈나무에 갇히게 되자 친구인 자라스트로에게 딸을 부탁하고는 떡갈나무에 갇혀 버린다. 제1장 괴물에 쫓기던 왕자가 밤의 여왕의 시녀들 도움으로 위기를 모면하자 밤의 여왕이 나타나 나쁜 마법사 자라스트로에게 잡혀간 딸 파미나를 구해올 것을 청하며 마술피리를 건네며 파파게노를 동행 시킨다. 제2장 파파게노와 함께 천년 묵은 떡갈나무의 도움을 받으며 자라스트로의 사..